29 Mart 2009 yerel seçimleri öncesinde yaşanan TC kimlik numarası krizi, 12 Eylül referandumu öncesinde yaşanmaya başladı. Tarihi oylamaya  30 gün kala 1.6 milyon seçmen, T.C kimlik numaraları olmaması nedeniyle oy kullanamayacak. Yüksek Seçim Kurulu Başkanı Ali Em, 12 Eylül'de yapılacak referandumda TC kimlik numarası şartının bulunduğunu ısrarla vurguladı. Referandumda oy kullanmak için şu şartlar gerekiyor:

KİMLİK KARTI ŞARTI

* Seçmen kimliğinin tespitinde, kimlik belgesinin TC kimlik numarasını taşıması esas olacak. Bu durumda seçmenlerin nüfus cüzdanlarında kimlik numarası yoksa bunları değiştirmeleri gerekecek.

* Bununla birlikte pasaport, evlenme cüzdanı, askerlik belgesi, sürücü belgesi ve avukatlık kimlik belgesi gibi, kimlik numarası, soğuk damgası olan ve seçmenin kimliğini tereddütsüz ortaya koyan resimli belgeler de (TC kimlik no olması şartı ile) sandık başında geçerli sayılacak.

Yetkililer, TC kimlik numarası bulunmayan vatandaşların, referandumda oy kullanabilmeleri için nüfus cüzdanlarını yenilemeleri ve seçim kurullarına kayıtlarını yaptırmaları gerektiğini belirtti.

ATALAY'DAN KİMLİK TALİMATI

İçişleri Bakanı Beşir Atalay, referandumda kimlik numarası şartı üzerine 81 İl Vali'sine nüfus cüzdanlarının değiştirilmesi işlemleri ile ilgili yazılı talimat gönderdi. Talimatta "Artan nüfus cüzdanı değiştirme taleplerinin karşılanması için nüfus müdürlüklerinde yeteri kadar nüfus cüzdanı bulunduracaktır. Nüfus müdürlükleri 12.09.2010 tarihine kadar cumartesi ve pazar günleri de hizmet verecektir" dendi.

Bu arada AK Parti Seçim İşleri Başkanlığı da, referandumda TC kimlik numarası taşımayan nüfus cüzdanları ile oy kullanılamayacağını belirterek vatandaşları ve partilileri SMS ile uyardı.